Oblačno z mesnimi kroglicami 2 se nadaljuje tam, kjer se je prvi del končal. Izumitelj Flint Lockwood je končno dobil priznanje za svoje delo. Flintov razvpiti stroj, ki proizvaja iz vode hrano je še vedno aktiven, vendar je sedaj začel namesto hrane ustvarjati mutirane pošasti. Zdaj je usoda človeštva v Flintovih rokah, da popravi napako svojega stroja.